突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…

巨大不明生物“祸威兽”不断地出现，已经成为日本习以为常的现象。这种生物通常兵器无力对抗，即将迎来极限的日本政府聚集了“祸威兽”专家，成立了“祸威兽特设对策室”通称“祸特对”。班长田村君男（西岛秀俊）、作战立案担当官神永新…